حرص القائمون على عمل مستشفى الشميساني على توفير جهاز إداري و مالي قادر على تسيير أعمال المستشفى و يتمتع بخبرة وكفاءة ونشاط مميز ، وذلك من أجل مساندة الأقسام الطبية في خدمة مرضى المستشفى من كافة النواحي .

يتولّى المدير العام للمستشفى الإشراف الكامل على جميع أعمال المستشفى الطبية و الإدارية، ويضع التوجيهات والتعليمات المناسبة للمدير الفني و المدير المالي و المدير الإداري، ويتابع تنفيذ الخطط والتعليمات بشكل دائم، كما يستقبل الاعتراضات إن وجدت بكل تواضع.

 تتابع إدارة المستشفى متمثلة بالمدير الإداري الإشراف على الموظفين القائمين بأعمال المستشفى ومراقبة تنفيذهم للأنظمة والتعليمات والتقيد بالدوام والانضباط في أداء الواجبات و إعداد التقارير السنوية عن أدائهم. كما تعمل الإدارة على تنظيم الاجتماعات اللازمة والتنسيق بين الأقسام للمحافظة على سير العمل بما يخدم الزبائن وتتابع احتياجات المستشفى من كافة النواحي وتأمينها.

ومن أقسام المستشفى الإدارية:-
- شؤون الموظفين.
- السجلات الطبية.
- الاستقبال والإدخال.
- العلاقات العامة والتسويق.
 - مقاسم الهواتف.
 - المشتريات.
 - الكمبيوتر.
- المصبغة والمخيطة.
 - الحركة والسيارات.
 - المستودعات.
- الصيانة .
- التغذية والمطبخ والكافتيريات.
- الدائرة المالية ومحاسبة المرضى .